教育營團契（Student Education Camp，簡稱SEC）是本中心目前歷史最久的服務性事工團契。

1985年台東延平教會的白光勝牧師，拄著柺杖繞過半個台灣到台中，希望邀請到一些大學生， 利用寒暑假到他所處的部落，為他們的青少年作課業輔導。因為他深深感受到，教育問題和經濟資源缺乏的惡性循環，正使得原住民部落社會快速瓦解和崩潰。他深切的表示：族人普遍經濟不好而且對教育缺乏重視，而因為不重視教育，使得原住民的下一代仍然要跑遠洋漁船、上華西街賣身、上高鷹架工作等等，在這樣惡性循環中成為弱勢中的弱勢。

當時本中心的徐信德牧師與就讀中山醫學院的呂宗學、張宏昌等人搭配台東基督教醫院的護士開始第一次的服事。到了第三年（1988年）是由本中心的學生以及東海大學導航會的學生共同組隊前往延平教會服事。同年一起參加過延平教會讀書會的同學便研議正式成立團契，因此就在一九九八年十二月成立教育營團契，全名為「台灣基督長老教會中部學生教育營團契」，第一屆會長為逢甲大學湯元凱（現任西屯教會長老） 。此後每年寒暑假都會前往延平教會服事。30多年來教育營團契服事過的地點包含台東縣延平、花蓮卓溪、南投仁愛等地的數個部落。因為在每個地點大概都長期委身甚至達到十年以上，也因此確實提升了部分孩子就學的機會，得以考上高中、大學。大約從2000年起教育營團契主要服事的地點在南投縣仁愛鄉的中原、靜觀、親愛等部落一直到2014年寒假。

隨著時間推移，部落環境以及大專院校生態都有所改變，某些部落成為眾多學校的「服務熱點」，反而變成孩子會挑選有趣的營隊參加，加上部落許多家庭早已遷移至市區使得部落人口結構也開始改變，2014年的教育營發生課程現場沒有孩子而必須臨時改變內容的狀況。因此在2015年暑假便藉著教育營30週年活動透舉辦尋根之旅，重新思考教育營未來的服事方向。活動後經同學討論後從2016年起營隊形式改為福音隊為主、課業輔導為輔，服事地點選擇較少人前往的台東縣參與東美中會都歷教會與瑞源教會的夏季兒童營隊。原寒假的營會則參與泰雅爾中會Kinhulan區會的聯合兒童冬令營服事，後因疫情中斷。